У игры бакуган, есть свои определенные правила.
Бакуган — игра стратегическая, тактическая. У каждого игрока есть баку-под — специальный прибор, показывающий уровень силы игрока и противника . Игроки могут использовать бакуганов разных стихий, но обычно они выбирают одну стихию, которая им наиболее подходит.
Игра начинается с открытия поля игры, тогда игроки перемещаются в особое пространство, междумирье между Землей и Вестроей. Попасть на поле игры могут не только игроки, но и любые люди, игрокам просто надо взять человека за руку в момент перемещения. Во время игры время в реальном мире, на Земле, останавливается незаметно для окружающих и «запускается» вновь после окончания боя. Для начала боя игроки сбрасывают на поле «карты ворот». Каждый игрок может сбросить несколько карт, тем самым создавая различные комбинации. После на карты ворот игроками сбрасываются бакуганы.
Два бакугана соперников, сброшенную на одну карту ворот, начинают поединок. Силу бакугана определяет его уровень (G), бакуган с большим количеством G выигрывает поединок. После окончания поединка бакуганы возвращаются к игрокам, карта ворот, на которой происходил бой исчезает. Проигравшие бакуганы больше не могут участвовать в схватке. С каждой стороны могут участвовать до трех бакуганов (существуют поединки один на один). Проигрывает тот игрок, у которого первыми проиграли все бакуганы.
Существует много видов поединков. Также можно активировать карты ворот, действие которых разнообразно. Кроме карт ворот игроки могут использовать карты способностей. Во время битвы каждый игрок может использовать только три карты способностей. Обычно карты способностей направлены на увеличение силы бакугана игрока или ослабление бакугана соперника. Кроме того у каждого бакугана есть свои индивидуальные способности, которые также активируются картами способностей.
Игроки также могут использовать сочетания стихий, активируя их картами способностей, если на поле находятся несколько дружественных бакуганов. Карты Смерти — карты, отправляющие бакуганов, проигравших битву, в Измерение Смерти (своеобразная загробная жизнь для бакуганов). Карты Смерти активируется в самом начале игры, просто запускаясь в поле игры. В процессе игры Карты можно отозвать.
В Новой Вестрое правила игры в бакуган значительно изменились. Для игры каждому игроку необходим гантлет (более модифицированная версия баку-пода). Для начала игры в гантлет вставляется карта ворот и игроки говорят «гантлет, силовой удар». Ни на Вестрое, ни на Земле игроки уже не перемещаются в специальное пространство и остаются в том месте, где они начинают битву. Время в течение игры на Вестрое не останавливается, хотя на Земле это правило по прежнему действует. Теперь для всех битв игроками по очереди сбрасывается только одна карта ворот. Игроки проходят по тем же правилам с исключением, что проигравшие бакуганы по прежнему могут участвовать в поединках. Теперь у каждого игрока есть определенное количество очков (шкала жизни), которое уменьшается от проигрыша в поединках. Окончательно проигрывает игрок, когда полностью теряет все очки. Количество уменьшения очков зависит, по видимому, от перевеса, с которым победил противник. Возможно, битва между равными по силе противниками может продолжаться бесконечно долго . Принцип боя тот же: побеждает бакуган с большим количеством джи. Игроки также могут использовать карты способностей, но при этом они теперь не просто сбрасываются на поле, а для активации вставляются в гантлет. В Новой Вестрое появляются новые виды бакуганов — кибербакуганы и бакуганы-ловушки, которых можно сбрасывать во время битвы с противником не зависимо от того, участвует ли уже в битве бакуган игрока или нет. Если бакуган противника выигрывает с преимуществом в 500 джи, проигравший бакуган переходит к победителю.
Во «Вторжениях гандэлианцев» правила игры в бакуган взяты из Новой Вестрои. Для начала игроки перемещаются в арену «Бакуган Интерспейс». Потом у каждого игрока подсчитываются очки. Игра идёт по тем же правилам, что и у вексов, за исключением гантлета (в игре необходим бакуметр — гибрид бакупода и гантлета). Новинкой являются новый тип бакуганов — доспехи. Они крепятся к бакуганам на игровом поле. Средняя сила — 100 G. Если бакуган выбрасывает огромную силу, то он может активировать 2 и 3 уровень доспехов, если открыта карта ворот, связанная с доспехами, то 2 и 3 уровень доспехов могут быть активированы. В арсенале у Нифии есть боевые машины. У них другая функция — к ним крепятся бакуганы. Их сила больше, чем у последних. У Дарака есть секретное оружие — Мега-Конструктор «Дарак Колоссус». Он состоит из двух доспехов и одной боевой машине. В отличие от остальных, они живые существа. После эволюции Дарака, Конструктор был убран.
В «Скачке Мехтаниума» появился новый режим битвы. Правила просты — если бакуган в нокауте, то битва заканчивается. Для экономии карт появилась новая версия баку-пода. В нём «хранятся» карты способностей и карты ворот. Арена игры усовершенствовалась: перед битвой ИИ выбирает обстановку поля игры. Например — город, джунгли, лес, горы, пляж, вулкан. Появятся новые виды бакуганов: Мечтоган, Мечтоган Титанический, БакуНано, НаноМеханизм, БакуСтальная Ловушка, новые виды Боевых машин и костюм бакугана. Мечтоган — это огромное существо с необычной силой. Они обычно появляется из-за огромного выброса энергии бакугана. Мечтоган обладает мощными приспособлениями, такие как защитное поле, лазеры и т. д. Обычно они непослушные, однако у Анубиаса и Селлон были кольца, контролирующие Мечтогана. БакуНано — это своего рода механизмы, помогающие бакуганам в бою. Они бывают в виде доспехов либо вооружения.